La protección pecuaria del país se realiza mediante la estrecha interacción de dos ámbitos:

el nivel central, que corresponde a la División de Protección Pecuaria (DPP), cuya principal función es de orden normativo;
el nivel regional, cuya función es operativa, y está conformado por 65 oficinas distribuidas en las 15 direcciones regionales del país. Las integran médicos veterinarios oficiales y técnicos pecuarios oficiales, quienes son conducidos por un encargado regional pecuario.

En los aspectos técnicos, la DPP se compone por seis subdepartamentos y dos unidades, cuyas funciones específicas se señalan en los respectivos vínculos:

Bienestar Animal
Control de Alimentos de Uso Animal
Defensa Pecuaria
Industria y Tecnología Pecuaria
Registro y Control de Medicamentos Veterinarios
Vigilancia Epidemiológica
Unidad de Trazabilidad y Sistema de Información Pecuaria
Unidad de Comercio Internacional